Chính quyền Dân tộc Palestine được thành lập nhưng chưa tổ chức được cuộc bầu cử Chủ tịch, Chủ tịch Tổ chức Giải phóng Palestine Yasser Arafat đã được chỉ định làm Chủ tịch trong giai đoạn tạm quyền. Yasser Arafat nhận chức Chủ tịch đầu tiên ngày 5/7/1994, khi chức vụ được nhậm chức chính thức ngày 20/1/1996, sau cuộc bầu cử Hội đồng Lập pháp và Chủ tịch, giai đoạn lâm thời kết thúc.

Arafat nắm giữ chức vụ đến khi qua đời ngày 11/11/1994, sau đó Chủ tịch Hội đồng Lập pháp Rauhi Fattouh nằm giữ quyền Chủ tịch. Ngày 12/11, Fattouh ban hành quyết định tổ chức cuộc bầu cử Chủ tịch mới trong vòng 60 ngày.

Cuộc bầu cử mới diễn ra ngày 9/1/2005, Mahmoud Abbas đã giành được chiến thắng. Nhiệm kỳ Mahmoud Abbas sẽ kết thúc ngày 9/1/2009, tạo ra cuộc khủng hoảng Hiến pháp trong lịch sử. Abbas được gia hạn nhiệm kỳ thêm 1 năm, bổ nhiệm Thủ tướng Salam Fayad sẽ quản lý Bờ Tây. Đồng thời Chủ tịch Hội đồng Lập pháp Aziz Duwaik cũng được công nhận làm quyền Chủ tịch, bổ nhiệm Thủ tướng Ismail Haniyeh quản lý dải Gaza. Trong năm 2014, Salam Fayad được cả hai chính quyền công nhận là Thủ tướng và Mahmoud Abbas là Chủ tịch.